Los anoxigénicos convierten la energía de la luz en energía necesaria para el crecimiento; sin embargo, y al contrario que las plantas, algas y en este proceso de transformación de la energía no se produce y por ello se le llama fotosíntesis anoxigénica. Otra diferencia es que los fototrofos anoxigénicos contienen un tipo de clorofila, , diferente a la clorofila de las plantas. Estas bacterias contienen además , pigmentos encargados de la absorción de la energía de la luz y posterior transmisión a la bacterioclorofila. El color de estos pigmentos son los que le dan el nombre a estas bacterias: y bacterias verdes. En las cianobacterias estos pigmentos captadores de luz son las , de ahí su nombre: bacterias azules (cianobacterias). En las bacterias rojas y bacterias verdes sólo existe un , de tal manera que la energía absorbida de la luz se utiliza para transportar un electrón desde la clorofila a la cadena de transporte de electrones que finalmente cede el electrón a la misma clorofila. En esta cadena de transporte de electrones se genera la energía necesaria para sintetizar . Sin embargo, el transporte de electrones es (el donador primario de electrones y el aceptor terminal de electrones es la misma clorofila) no existiendo por lo tanto de NADP a NADPH. Esta reducción se lleva a cabo mediante transporte inverso de electrones gracias a los electrones donados por el hidrógeno gaseoso (H2) o el sulfuro de hidrógeno (H2S). En cualquier caso nunca se produce O2.