El CEPA Yucatán se encuentra en el Centro Penitenciario Madrid V, situado en el Km 3,600 de la carretera comarcal 609,  que une Colmenar Viejo con Soto del Real, en el término municipal de este último y aproximadamente a unos 45 Km. de la ciudad de Madrid.

Dentro del Establecimiento Penitenciario, el CEPA Yucatán se encuentra ubicado en el llamado Edificio Sociocultural, si bien cuenta con aulas en todos los módulos residenciales del Centro.  En este mismo edificio se sitúan el Salón de Actos y la Biblioteca