El infante D. Fernando, nació en la Villa de Alcalá de Henares a las 11 de la mañana del viernes 10 de marzo de 1503. Era nieto de los Reyes Católicos, Isabel y Fernando; hijo de Juana de Castilla y Felipe el Hermoso y hermano del emperador Carlos V. Fue un día de gran alegría porque el nacimiento de un varón suponía una mayor seguridad para la garantía sucesoria de la corona. En Alcalá de Henares el pueblo celebró aquel acontecimiento con fiestas: música, corridas de toros, juegos de cañas y lanzas…
Cuando Fernando había cumplido año y medio su abuela Isabel murió en Medina del Campo, el 26 de noviembre de 1504. Ese mismo día en la plaza de aquel pueblo Fernando el Católico alzó pendones por su hija Juana proclamándola reina de Castilla y León junto a su esposo el archiduque Felipe como rey consorte. Cuando el emperador Fernando tenía 3 años, su padre, que no le conocía, ordenó que le llevaran de Arévalo a Simancas, para que estuviese más cerca de él y pudiera verle con frecuencia. Felipe el Hermoso al verle por primera vez dijo de su hijo Fernando que era una “muy linda e graciosa criatura”.
El 24 de septiembre de 1506 murió su padre en Burgos. El infante estaba en Simancas y se temió por él ya que se manejaba como una opción válida para heredar el trono de Castilla. De tal manera fue así que el Consejo de Castilla, que estaba en Valladolid, ordenó que se enviasen tropas a buscar al Infante y traerle a la ciudad del Pisuerga donde su seguridad estaba garantizada.
Se dice que Fernando el Católico interesadamente había potenciado la posibilidad de que el infante D. Fernando, el alcalaíno, fuera el sucesor a la corona de Castilla aduciendo la lejanía de su hermano Carlos, el primogénito, el heredero por transmisión dinástica. En este sentido en 1512 el rey Fernando hizo un testamento que nombraba a Fernando heredero de la corona de Castilla.
El 23 de enero de 1516 el rey Fernando el Católico falleció.
Al día siguiente, se leyó el testamento y con sorpresa para algunos se vio que había nombrado heredero a su primogénito Carlos, sin apenas nombrar a su segundo nieto Fernando.
El 11 de noviembre de 1517 el infante D. Fernando se trasladó al pueblo de Mojados, en el que se encontró y conoció por primera vez a su hermano Carlos.
El primer título otorgado a Fernando fue el nombramiento de Caballero de la Orden del Toisón de Oro.
El 7 de febrero de 1522 se decidió que Fernando se quedase con los 5 condados de Austria, el condado de Tirol, con el marquesado de Burgau y el condado de Kirchberg.
En 1526 Fernando hace efectiva la subida al trono de Bohemia.
El 5 de enero de 1531 los príncipes electores eligieron a Fernando como rey de romanos.
El 27 de enero de 1547 como consecuencia del parto del decimoquinto hijo de Fernando, la esposa de éste, murió en la ciudad de Viena. La pérdida de su esposa le supuso a Fernando un cambio en su personalidad y en el aspecto exterior puesto que desde aquel momento se dejó la barba en señal de duelo.
Se han hecho muchas descripciones de la figura de Fernando, desde “una muy linda e graciosa criatura” hasta la exposición hecha por sus cortesanos y los que le visitaban. Entre todos se ha podido hacer una semblanza bastante completa de su figura y su personalidad. Se le consideró que era una persona de pequeña estatura, delgado, pálido pero muy sano; el rostro alargado, los ojos vivaces, la nariz grande y aguileña, el pelo castaño y la barbilla un poco hacia fuera.; ágil, buen cabalgador y un magnífico cazador. Era muy inteligente, de gran memoria y espíritu despierto, hablaba siete idiomas. Aunque decían algunos que era colérico, otros le consideraban de carácter templado. Era muy religioso, muy aficionado a las Ciencias naturales, generoso gran negociador, comprensivo ante la adversidad, amaba la templanza, la afabilidad, la sencillez y la verdad por encima de todas las cosas.
Sabemos que la muerte de Fernando no fue repentina. La muerte le llegó en Viena el 25 de julio de 1564. Sus restos mortales fueron enterrados en la Catedral de San Vito en Praga, aunque no fue efectivo hasta 1571.
Esta es a grandes rasgos la vida del infante D. Fernando, nacido en Alcalá de Henares, archiduque de Austria, rey de Bohemia y de Hungría, rey de romanos y emperador del Sacro Imperio Germánico.

Matrimonio e hijos
De la unión con Ana de Bohemia, el emperador tuvo quince hijos:
• Isabel de Habsburgo (9 de julio, 1526 - 15 de junio, 1545). Archiduquesa de Austria, casada con Segismundo II Jagellón, Rey de Polonia.
• Maximiliano II de Habsburgo (Viena, 31 de julio de 1527 - Ratisbona, 12 de octubre de 1576), casado con su prima hermana María de Austria, hija de Carlos V.
• Ana de Habsburgo (7 de julio, 1528 - 16/17 de octubre, 1590) casada con Alberto V de Baviera.
• Fernando de Habsburgo (14 de junio, 1529 - 24 de enero, 1595). Conde de Tirol, casado con Filipina Welser y Ana Catalina Gonzaga de Mantua.
• María de Habsburgo (15 de mayo, 1531– 11 de diciembre, 1581) casada con Guillermo de Cleves el Rico.
• Magdalena de Habsburgo (14 de agosto, 1532 - 10 de septiembre, 1590). Monja.
• Catalina de Habsburgo (15 de septiembre, 1533 -28 de febrero 1572). Archiduquesa de Austria, casada con Segismundo II Jagellón, Rey de Polonia.
• Leonor de Habsburgo (2 de noviembre, 1534 - 5 de agosto, 1594) casada con Guillermo Gonzaga de Mantua.
• Margarita de Habsburgo (16 de febrero, 1536 - 12 de marzo, 1567) casada con Francisco, barón de Quellenstein.
• Juan de Habsburgo (10 de abril, 1538 - 20 de marzo, 1539).
• Bárbara de Habsburgo (30 de abril, 1539 - 19 de septiembre, 1572) casada con Alfonso II de Ferrara.
• Carlos de Habsburgo (Viena, 3 de junio, 1540 - Graz, 10 de julio, 1790). Archiduque de Austria, Duque de Estiria, de Carintia y de Carniola y Conde de Goritz y del Tirol. Casado con María Ana de Baviera. Ambos eran padres del emperador Fernando II.
• Úrsula de Habsburgo (24 de julio, 1541 - 30 de abril, 1543).
• Elena de Habsburgo (7 de enero, 1543 - 5 de marzo, 1574). Monja.
• Juana de Habsburgo (24 de enero, 1548 - 10 de abril,1578). Archiduquesa de Austria, casada con Francisco I de Médicis, Gran Duque de Toscana. Una de sus hijas fue María, esposa del rey Enrique IV de Francia.